علم باز یکی از موضوعاتی است که بسیار چالشی بوده و نیاز به بررسی بیشتر دارد. مقاله اول با نام مطالعه وضعیت تولیدات علمی در حوزه موضوعی «علم باز» است که از اینجا می توانید دانلود کنید.
مقاله دوم «مسئله اساسی علم باز پژوهش های مشکوک» جالب توجه است.
در ادامه این پست مطالب آقای احمد صوفی محمودی آورده شده گرچه برخی از مطالب ایشان قابلیت نقد دارد اما مطالب مهمی رابیان کرده اند.
Open Science Practices in Oral Health Research:
Implications and Importance
Ahmad Sofi-Mahmudi and Eero Raittio
اسلاید اول:
سلام. من احمد هستم، دندان‌پزشک و پژوهشگر. قراره که همراه با همکارم Eero Raittio از دانشگاه Eastern Finland در مورد اوپن ساینس صحبت کنیم. در بخش اول که به‌فارسی خواهد بود، من در مورد اصول کلی صحبت می‌کنم و در بخش بعدی که به‌زبان انگلیسی و توسط Eero ارائه می‌شود، پژوهش‌هایی که من و ایشان در زمینه اوپن ساینس در پژوهش‌های سلامت دهان و دندان‌پزشکی داشته‌ایم، توضیح داده خواهد شد.
اسلاید دوم:
می‌خواهم از یک مسئله پایه‌ای شروع کنم. علم چیست؟ علم یکی از ابزارهای شناخت جهان اطراف است. به‌جز علم و علی‌الخصوص در زمان‌های گذشته، از ابزارهای دیگری هم استفاده می‌شد، از جمله فلسفه، دین، عرفان و اسطوره‌ها. اما به‌مرور علم جای همه را گرفت؛ چون بر اساس منطق بوده و است و تا کنون بسیار عالی جواب داده.
علم در صدد شناخت جهان بر اساس یک روش مشخص به اسم روش علمی است و در حقیقت به‌اعتبار همین روش علمی است که الان می‌بینیم شاخه‌های علمی از فیزیک و شیمی فراتر رفته و به جامعه‌شناسی و اقتصاد هم رسیده. یعنی الان وقتی می‌گوییم علم فلان، منظورمان این است که از روش علمی برای شناخت آن استفاده می‌کنیم و نتایج آن قابل تأیید توسط دیگران است. چیزی که قابل تأیید و تکرار نباشد، با تردید می‌توان به آن علم گفت.
برخی اصولی را برای علم ذکر کرده‌اند که بدون آن علم معنایی ندارد یا لااقل با معنای کنونی آن فاصله خواهد داشت. از جمله:
· احترام به راستی دانش (integrity)؛
· همکاری؛
· صداقت؛
· واقعیت؛ و
· بازبودن.
اسلاید سوم:
حالا می‌خواهیم در مورد یکی از مهم‌ترین شاخصه‌های علم که به آن اشاره کردیم، صحبت کنیم: قابلیت تکرار. قابلیت تکرار به این معناست که اگر یک مطالعه انجام‌شده را خواستیم دوباره بیازماییم و از همان روش‌شناسی برای رسیدن به همان جواب استفاده کردیم، نتایج دو مطالعه نباید تفاوت آشکاری با هم داشته باشند.
در صورتی که امکان طراحی دوباره مطالعه به‌علت ناواضح‌بودن یا غیرممکن‌بودن روش‌شناسی وجود نداشته باشد یا نتایج جدید پس از اطمینان از درستی انجام مطالعه تفاوت چشم‌گیری با نتایج قبلی داشته باشد، آن مطالعه قابل تکرار نبوده.
پژوهشگران مسئولند که از قابلیت تکرار مطالعه خود اطمینان حاصل کنند. این کار با گنجاندن جزئیات مهم در روش‌شناسی و تکرار چندباره مطالعه یا آنالیزها پیش از انتشار آن فراهم می‌شود.
اسلاید چهارم:
اگرچه در برخی علوم پایه مثل فیزیک و شیمی قابلیت تکرار با درصد خطای کم وجود خواهد داشت، این مسئله در علوم اجتماعی و زیستی محدودتر است چرا که در این علوم متغیرها به‌حدی زیاد هستند که بسیار سخت است مطالعه‌ای را با درصد خطای کم دوباره تکرار کرد. مطالعات زیادی این مسئله را بررسی کرده‌اند.
اسلاید پنجم:
برای مثال، یک مطالعه در سال ۲۰۱۱ با بررسی قابلیت تکرار ۶۷ پروژه مرتبط با کشف اهداف بالقوه دارویی در زمینه انکولوژی، سلامت زنان و بیماری‌های قلبی-عروقی دریافت که تقریبن دو-سوم این پروژه‌ها قابلیت تکرار ندارند. این عدد بزرگی است و به این معناست که احتمالن به دو-سوم علوم پزشکی اصولن عنوان علم را نمی‌توان اطلاق کرد. و در نتیجه هم منابع و هم احتمالن جان‌های زیادی در این راه از بین رفته است.
اسلاید ششم:
پس از این مقدمه طولانی، به بحث اصلی می‌رسیم. برای حل بخشی از مشکلات کنونی پژوهش‌های علمی، جنبش open science شروع شد. در حقیقت اگر خوب بنگریم، اوپن ساینس همان چیزی است که علم و پژوهش‌های علمی باید باشد، اما چون از این ایده‌آل فاصله داریم، نیاز داریم به این مسائل بیش از پیش توجه داشته باشیم.
مسئله اصلی در اوپن ساینس شفافیت است. با وجود شفافیت، امکان به‌اشتراک‌گذاری و همکاری بین پژوهشگران هم بیشتر خواهد شد و در نتیجه علم بیش از پیش رشد خواهد کرد. البته اوپن ساینس یک عبارت چتری است و شامل مسائل زیادی می‌شود؛ از انتشار اوپن اکسس پژوهش‌های علمی تا به‌اشتراک‌گذاری داده‌ها و داوری و نقدهای شفاف.
اسلاید هفتم:
در این اسلاید، نحوه به‌کارگیری اصول اوپن ساینس در همه مقاطع مربوط به یک پژوهش آمده است. برای مثال، اگر در مرحله فرضیه‌سازی الزامات مربوط به سرمایه‌گذار در نظر گرفته شده است، این مسئله باید به‌صورت شفاف ذکر شود. یا در مرحله گردآوری داده‌ها اگر از داده‌های قبلی استفاده می‌شود، باید به آن ارجاع کامل داده شود. پس از اتمام کار نیز لااقل فراداده تحقیق باید انتشار یابد.
اسلاید هشتم:
این تحقیق پارسال منتشر شد. هدف پژوهشگران بررسی پژوهش‌های بایومدیکال از منظر پنج شاخص اعلام تضاد منافع، اعلام تأمین مالی، ثبت پروتکل و به‌اشتراک‌گذاری داده‌ها و کدهای پژوهش بود. نتایج آن نشان داد رشد اعلام تضاد منافع و تأمین مالی در طی سالیان پس از آغاز قرن ۲۱ قابل توجه بوده، به‌طوری که در سال ۲۰۲۰ در بیش از سه‌چهارم مقالات علمی تضاد منافع و تأمین مالی اعلام شده بود. البته این به‌معنای تضاد منافع و تأمین مالی در بیش از سه‌چهارم مقالات علمی نیست، بلکه عبارات مربوط به این دو (چه وجود و چه عدم وجود آن) در بیش از سه‌چهارم مقالات سال ۲۰۲۰ ذکر شده بود. با این حال، وضعیت در سه شاخص بعدی خوب نیست و در کل کم‌تر از ۱۰٪ مقالات در سه شاخص بعدی اوپن بوده‌اند.
اسلاید نهم:
از آنجایی که اوپن ساینس تنها در سال‌های اخیر مورد توجه بوده، تعجبی ندارد که در زیرشاخه‌های علوم سلامت از جمله سلامت دهان هنوز به آن توجه چندانی نشده باشد؛ هر چند تصور نمی‌شود وضعیت چندان با بقیه شاخه‌ها تفاوتی داشته باشد.
اسلاید دهم:
با این حال، مطالعاتی در این زمینه انجام شده است. برای مثال، در این مطالعه که پارسال چاپ شده است، کارآزمایی‌های بالینی سال ۲۰۱۹ و ۲۰۲۰ حیطه دندان‌پزشکی کودکان بررسی شد و در نهایت می‌بینیم که حدود نیمی از آن‌ها از قبل ثبت شده بودند، هیچ کدام داده‌هایشان را منتشر نکرده‌اند و کم‌تر از ۱۰٪ به‌صورت اوپن اکسس در دسترس هستند. یعنی بسیاری از این مطالعات شفاف و قابل تکرار نیستند.
اسلاید یازدهم:
حالا برای این که پژوهش ما اوپن شود چکار باید کرد؟ در سه مورد توضیح خواهیم داد:
· ثبت مطالعه پیش از انجام آن
· به‌اشتراک‌گذاری داده‌ها/کدها
· اعلام تضاد منافع/تأمین مالی
اسلاید دوازدهم:
ثبت مطالعه پیش از انجام آن می‌تواند علاوه بر آگاهی سایرین از درجریان‌بودن پژوهش و در نتیجه کاهش احتمال انجام تحقیقات تکراری، باعث می‌شود که احتمال انجام اعمال نادرست علمی مانند p-hacking یا گلچین‌کردن نتایج دلخواه یا استفاده از روش‌های آماری برای رسیدن به جواب دلخواه کم‌تر شود.
اسلاید سیزدهم:
برای ثبت مطالعه مکان‌های شناخته‌شده‌ای مثل ClinicalTrials.gov و PROSPERO وجود دارد. اما می‌توان در سایت OSF که مخفف Open Science Framework است نیز مطالعه را ثبت کرد. این یک سایت عمومی است و برای همه پژوهش‌ها و شاخه‌های علمی است. همچنین می‌توان پروتکل‌ها را در بسیاری از ژورنال‌ها چاپ کرد.
اسلاید چهاردهم:
می‌توان گفت که مهم‌ترین دستاورد هر کوشش علمی رسیدن به یک سری داده است، چه کیفی و چه کمی. در مقالات معمولن این داده‌ها به‌صورت پردازش و خلاصه‌شده عرضه می‌شوند و امکان پژوهش بیشتر روی این داده‌ها وجود نخواهد داشت. برای افزایش قابلیت تکرار یک مطالعه علمی، باید داده‌های خام آن در دسترس باشند. این مسئله به شفافیت نیز کمک زیادی می‌کند و می‌توان نتایج مطالعات را راستی‌آزمایی کرد.
در دنیای امروزه، پردازش داده‌های خام با نرم‌افزارها بخصوصی انجام می‌شود و راه رسیدن به این داده‌های پردازش‌شده از طریق داده‌های خام حائز اهمیت است. از این رو به‌اشتراک‌گذاری این کدها نیز اکنون مورد توجه است.
اسلاید پانزدهم:
در سال ۲۰۱۴، اصولی به‌نام FAIR برای بهبود استفاده مجدد از داده‌های پژوهشی تعیین شد. این کلمه مخفف Findable، Accessible، Interoperable و Reusable است.
· داده و فراداده باید یافتنی باشد، یعنی لااقل فراداده مربوط به پژوهش با یک identifier مثل DOI قابل یافت باشد. فراداده دارای توضیحات مربوط به داده‌هاست و در صورتی که داده‌های خام به هر دلیلی (از جمله حریم خصوصی) قابل به‌اشتراک‌گذاری نباشند، فراداده باید به‌اشتراک گذاشته شود.
· داده و فراداده باید از طریق یک پروتکل ارتباطی استاندارد قابل دسترس باشد.
· داده و فراداده باید سازگار باشد، یعنی از طریق یک فرمت و زبان استاندارد به‌اشتراک گذاشته شود.
· داده و فراداده باید قابل استفاده مجدد باشد، یعنی شرایط مربوط به تولید داده، از جمله مجوز استفاده و جایی که داده از آن آمده، توضیح داده شود.
اسلاید شانزدهم:
جاهای متنوعی برای به‌اشتراک‌گذاری داده وجود دارد، از جمله OSF.io، figshare، Harvard Dataverse، Mendeley Data، Dryad، Zenodo و GitHub. متداول‌ترین‌ها دو مورد اول هستند.
اسلاید هفدهم:
تضاد منافع به شرایطی گفته می‌شود که در آن انگیزه‌های دیگری برای پژوهش جز پیش‌بردن علم وجود داشته باشد. با این حال، منظور از تضاد منافع اکثرن تضاد منافع مالی است، یعنی مثلن یک پژوهشگر از یک شرکت تجاری مبلغی را برای پژوهش روی یک مسئله سلامت دریافت کند. در این جا احتمال تمایل پژوهشگر و شرکت برای گزارش‌کردن موارد منطبق بر منافع مالی‌شان وجود خواهد داشت. هر چند در برخی پژوهش‌ها نشان داده شده که این اثر می‌تواند موجب سوگیری شود، اما در این جا بحث شفافیت است. یعنی اگر تضاد منافع و تأمین مالی وجود دارد، ذکر شود و از خوانندگان پژوهش پنهان نشود.
اسلاید هجدهم:
مثلن، در پژوهشی که در سال ۲۰۱۳ منتشر شده، نشان داده شد که در سیستماتیک ریویوهایی که در مورد ارتباط بین نوشیدنی‌های شیرین‌شده و افزایش وزن انجام شده، در مطالعاتی که پژوهشگران تضاد منافع داشته‌اند (با شرکت‌های غذایی)، احتمال گزارش نبود ارتباط بین این دو متغیر حدود ۵ برابر بیشتر از سیستماتیک ریویوهای بدون تضاد منافع بوده است. در نتیجه، شفافیت در این زمینه نیز برای تصمیمات سلامت بسیار مهم است و در بسیاری از ژورنال‌ها نیز از الزامات است، هر چند که ممکن است در بسیاری از موارد به‌درستی و دقت ذکر نشود.
